在一列從東京開往大阪的特快列車上，坐著一位尊貴而特殊的客人。她是來自歐洲英格拉姆帝國女王莎莉貝絲，隨行的還有其年幼的兒子菲利浦王子。女王擁有一顆歐洲最大的寶石——水晶之母，這也引起了怪盜基德的註意。為了防止基德得手，女王身邊布置大批保鏢和警力。中森警官是日本警方的總代表，而他的女兒青子以及基德的真身快鬥也同在這列火車之上。
眼看離預定時間越來越近，快鬥卻始終沒有找到寶石真正的藏匿地點。與此同時，國際寶石大盜傑卡爾和羅絲也尾隨前來，他們企圖在基德得手之際趁火打劫。同在火車上的柯南從偽裝成乘務員的羅絲身上看出蹊蹺。一場寶石的攻防戰隨即展開……
