西元199X年，世界受到核子武器的洗禮，山崩地裂，海水枯竭，人類的文明大都毀于壹旦。不過，人類並沒有因此而滅亡，少數人仍然殘存了下來，活在這個淪爲暴力統治的世界裏。
在烈日照耀下的荒漠中，壹名男子拖著疲憊的步伐前進，當他走到壹個村莊的時候，由於缺水及疲憊而倒了下去，被村人給關進牢房中。在牢中結識了原爲小偷，現在也被關在同壹間牢房的男孩－巴托，以及看守的小女孩－琳兒。在村中長老的屋中，村人爲了確定他到底是不是暴力組織“Z”的成員，脫下了他的上衣檢查是否有刺青，但是當長老壹見到他胸前呈北鬥七星形狀的傷痕時，大吃壹驚地認爲這是不祥的預兆，而將他繼續關在牢中。沒多久，Z黨來襲擊這個村子，村中的自衛隊被殘殺殆盡，琳兒更是被對方的首領抓爲人質，以逼迫村民就範。危急之際，破牢而出的健四郎(拳四郎)施展北鬥神拳擺平了Z黨的老大，平安地救出了琳兒，保住了這個村子。之後，健四郎離開了村子，繼續他的旅程，巴托因爲崇拜健而跟著他走，長老則安慰流淚送別的琳兒：「北鬥出現的地方必有亂事，他是爲了琳兒而離開的，因爲這裏是琳兒的村子啊。」
旅途中健四郎收拾了暴力組織「King」中的黑桃和方塊，在King的本部南十字星城中，健四郎解決了嗜殺的梅花，更在King的首領——南鬥聖拳的希恩面前用絕招痛宰如肥豬壹般的紅心。在和希恩的對話中，說明了兩人爲何由好友變爲仇人，最後希恩在死前說出健四郎的未婚妻——尤莉亞已死的消息，使得這場因愛而生的決鬥畫下了休止符。
健和巴托停留在壹間頗具規模的交換站，巴托偶然看見琳兒被關在由以前特種部隊所組成的“神國”的卡車中，在救出琳兒後，健四郎順道去毀掉“神國”這個組織。善後工作完成後，他們來到了巴托的故鄉，幫助巴托的義母朵洋婆婆挖好水井。就在健四郎離開後，飛車黨頭目傑卡魯來犯，朵洋婆婆爲了保護孩子而死，健四郎大怒，誓殺傑卡魯報仇！
經過壹連串的獵殺，被逼到走投無路的傑卡魯決定到雷比尼監獄放出號稱「不死惡魔」的重刑犯來對付健四郎，雖然對方爲惡魔的化身，但是仍不敵戰神化身的健四郎，和傑卡魯壹同到陰間報到。
爲了使朵洋婆婆所收養的孩子有人收留，健四郎受某村落之托消滅來犯的“牙壹族”，爲此認識了南鬥六聖拳之壹“南鬥水鳥拳”的雷依，以及酷似尤莉亞的瑪雅。由于瑪雅的弟弟被牙壹族所殺，爲了瑪雅的淚水，兩人聯手消滅了牙壹族的先鋒部隊。牙壹族的首領爲了報複，利用雷依失散的妹妹艾麗作人質，逼使健四郎和雷依相鬥，不過兩人以詐死來瞞過牙壹族的首領，成功地救出了人質。
由艾麗的口中得知，有人以“胸前有七個傷痕的男人”爲名，四處殘害無辜的民衆，破壞北鬥神拳的名聲，健四郎爲了善盡北鬥神拳繼承人的職責，啓程討伐他那不成材的三哥－傑基。
從傑基的口中得知，當初希恩之所以會自他身邊奪走尤莉亞，完全是受到他的煽動，健四郎怒不可遏，讓他的肉體自地球上消失掉。傑基在臨死之際，告知健四郎他的兩個哥哥還活著，健四郎震驚，心想：“我壹定要去見他們，特別是道奇，我非見到他不可。”
在壹間酒館中聽到有關“道奇突然變成殺人鬼”的傳聞，健四郎抱著疑問前往求證，在親眼目睹道奇的人體實驗後，健四郎悲憤地決定打倒道奇，但是面對自己壹向敬愛的二哥，健四郎卻下不了殺手，反而被點中穴道而動彈不得。危急之際，雷依趕來揭穿道奇的真面目，原來他是南鬥聖拳壹派的安信，受到世紀末霸主“拳王”的命令，假冒道奇之名研究人體身上的經脈穴道，面對這個破壞二哥及北鬥神拳名譽的安信，健四郎不客氣地送他到地獄去忏悔，不過對于道奇的下落更是耿耿于懷。
經過瑪雅的探訪，查出道奇被關在卡山多拉監獄，於是健四郎和雷依、瑪雅壹同往卡山多拉監獄出發。通過了守衛大門的拉卡、呼卡兄弟，健四郎對上了典獄長維吾爾，壹番戰鬥之後，典獄長被送進了壹旁新挖的墓穴。此時拳王親衛隊出現，欲將道奇移至他處，拉卡和呼卡爲守住通往道奇牢房的通道，撐著落下的巨石而死，健四郎誓爲他們複仇。拳王親衛隊眼看已來不及帶走道奇，決定殺掉他，但是他們根本不了解北鬥神拳的道奇，反而死在道奇的手下。兄弟相會，簡短的問候取代了千言萬語，卻在此時，騎著巨馬的拳王身影出現在琳兒他們所在的村子附近。
先趕回的雷依在村外遇見負傷出來求援的巴托，回到了村中，又看見被打傷的琳兒，憤怒之火使得他當場令壹些拳王的部下變成碎塊，但是面對拳王壓倒性的強勢，雷依就算是用盡全力也無法傷他，反被點中“心血愁”穴道，使其生命僅剩下三天。健四郎趕到，欲和拳王（也就是他的大哥拉歐）打鬥，不過卻被道奇阻止；道奇點了健四郎的穴道，要健四郎仔細看著他和拉歐的戰鬥，以從中領悟「柔拳」的精髓，因爲「剛拳」對「剛拳」的戰鬥往往會導致玉石俱焚。道奇雖舍命壹戰，但久病的身體卻支持不住，眼看道奇就要死在拉歐的手裏，瑪雅打算箭射拉歐，雷依阻止道：「北鬥神拳二指真空把的絕技會使箭射回自己！」瑪雅無奈道：「可是只剩我能出手了。」毅然扣下十字弓的板機。拉歐不顧雷依的求情，將箭射回瑪雅，此時健四郎終於奮力沖破被道奇所點的穴道，擋住了這壹箭，和拉歐展開了壹場血淋淋的肉搏戰。
激戰過後，只方都被對方的拳術給制住了，道奇分開了兩人，說道：“妳們自己應該很清楚自己已經不能再打鬥了。”拉歐的部下早已逃得壹個不剩，他孤獨地騎著巨馬“黑王”離去。
雷依爲了瑪雅的安全，決定打倒南鬥六聖拳中，使用紅鶴拳的“妖星”——尤達。爲了擊敗尤達，雷依拜托道奇幫他延長生命，被道奇點中「心靈台」穴道的雷依，因劇烈的痛苦而使得頭發全部轉白，不過他終於再現華麗的水鳥拳，令妖星消逝。之後雷依與衆人道別，將自己關在壹間小屋中，靜待「義星」隕落。
拉歐因之前的激戰而靜養，此時以「聖帝」爲名，南鬥六聖拳中的“帝星”——沙無然逐漸顯露其野心，以大量的孩童爲奴仆，修建“聖帝十字陵”。健四郎在途中遇見了壹個使用南鬥白鹭拳的盲眼拳士——“仁星”修武，閑談之下健四郎才想起修武是爲救他壹命才自毀只眼，健四郎爲報恩，決定助修武壹臂之力，沒想到初戰聖帝便因爲聖帝的身體之謎而戰敗被俘，修武之子希巴爲救健四郎而犧牲，健四郎淚誓討回這筆血債，可惜傷重不支地昏倒在荒野中，此時拉歐突然出現，將健四郎帶回道奇所在的村子。
蘇醒的健四郎無言安慰修武，但修武叫健四郎不必內疚，並說這也是仁星的宿命，自己以這個孩子爲傲。
聖帝的先遣部隊終於發現了修武的基地，修武以健四郎重傷未愈，在飲食中下藥，要琳兒和巴托帶著健四郎由下水道離開，而自身則親戰聖帝，但在聖帝以衆多人質的性命要脅下，修武戰敗。此時昏迷中的健四郎似是聽見了修武靈魂的呼喊，起身向修武他們所在之處前進。
面對衆多聖帝部下的阻撓，拉歐和道奇突然出現，替健四郎開出壹條通路。
在十字陵前，沙無然命修武背負十字陵的最後壹塊石頭，登上十字陵的頂端。健四郎趕到陵頂時，沙無然壹槍射死了修武，悲憤交集的健四郎在十字陵再戰沙無然，由於解開了聖帝的身體之謎，因此面對淩厲的南鬥鳳凰拳，健四郎亦使出北鬥神拳的絕招應戰。擊敗聖帝之後，十字陵也跟著崩潰，拉歐在臨走前言道：“下次見面就是決戰之時。”
道奇決定和拉歐生死壹戰，在只親的墓前，親兄弟各展所長，剛拳和柔拳互不相讓，由於道奇已病入膏肓，面對拉歐的剛拳漸感力不從心，危急之際，道奇突然使出剛拳，將拉歐打得口吐鮮血，但拉歐知其是自點致命的「刹活孔」穴道才得到如此的力量，因此揮淚打倒道奇，不過兄弟之情使拉歐並沒有殺了道奇，拉歐說道：“對拳王造成威脅的道奇已經死了，如今只有和病魔奮戰的道奇。”兄弟死鬥到此畫下了句點。
南鬥聖拳中的孤高之星——“天狼星”出現，使用泰山天狼拳的拳士，同時也是尤莉亞大哥的流眼，爲了拳王的霸業而四處殺戮，甚至連道奇的村子也難逃毒手。爲救道奇而前往流眼城堡的健四郎，因流眼詐稱道奇已死在其手而發怒，就在健四郎要給予他致命壹擊的時候，道奇突然出現，告知健四郎流眼之所以如此做的真正目的，乃是爲了使健四郎的拳法能夠完全地發揮，而且流眼在瘋狂殺戮之前，就已經自我了斷了。在勉勵健四郎打倒拉歐後，道奇便抱著流眼的身軀離開了人世。
南鬥六星已隕落了五顆，僅剩下南鬥最後的將星，而護衛將星的“南鬥五車星”也在此時紛紛展開了行動。五車星中的“風”——飄逸最先死于拉歐之手，其兄「炎」－赤煉雖自焚欲和拉歐同歸于盡，可惜仍失敗。「山」－福多前往迎接健四郎，在知悉「炎」的死訊之後，命部下去找「雲」——修無常來阻擋拳王的進攻，同時亦告知健四郎南鬥最後的將星就是“慈母之星”尤莉亞，當初希恩之所以願意背負殺害尤莉亞的罪名，完全是爲了不使尤莉亞落入拉歐的手裏。
「雲」－修無常終于出動，使計奪走了拉歐的坐騎－黑王，阻止了拉歐軍隊的進擊，但是在後來的決鬥中，修無常雖以絕招重傷拉歐，卻仍死于拉歐之手。
拉歐和健四郎同時抵達將星所在的城堡，拉歐直奔塔頂，而健四郎則被帶到地下的壹間房間等候由塔頂下來的尤莉雅。拉歐在塔頂遇上了五車星中的“海”——黎庫，雖然黎庫布下許多機關，但是對拉歐完全起不了作用，就在黎庫要被拉歐殺死的時候，健四郎趕到，和拉歐展開決戰。
拉歐施展自創的驚人絕招，欲取健四郎的性命，緊要之際，健四郎突然使出北鬥神拳的最高境界——“無想轉生”重挫拉歐，拉歐心知不敵，閉目待死，誰知誤觸機關，整個人隨著樓頂掉落下去，竟掉到尤莉亞所在的房間，拉歐便趁此機會帶走尤莉亞，健四郎隨即決定追擊拉歐。
拉歐爲克服內心的恐懼，前往福多所在的村子向其挑戰，福多不敵被殺，但拉歐心中對于“悲傷”的恐懼仍未消失。爲領會“無想轉生”的奧義，拉歐決定殺掉尤莉亞。
拉歐在“北鬥練氣鬥座”約戰健四郎，琳兒和巴托被健四郎帶去見證這壹場決鬥，而拉歐亦將尤莉亞帶至決鬥的地點，在將尤莉亞托給琳兒和巴托代爲照顧之後，拉歐和健四郎這壹場宿命的對決便開始了。這兩個拳法均達最高境界的高手相鬥，宛如赤子之爭，經過壹番激戰之後，健四郎的拳頭擊碎了拉歐的霸業，拉歐說明尤莉亞雖然罹患絕症，但是還可以再活幾年，要健四郎好好地陪伴她渡過剩下的日子；他只是點了尤莉亞的穴道，來減輕病情。語畢，拉歐便揮拳自盡，這壹場壯烈的決戰，也總算打上了休止符。
將拉歐葬在道奇的墓旁之後，健四郎便和尤莉亞騎著黑王離開，而琳兒和巴托雖然不舍，但是也只能流淚目送他們，伴隨著荒野的風，漸行漸遠。
