賽菲羅斯的事件已經過去2年了，人類從巨大隕石的災難之下逃脫。曾經繁榮的都市雖然滿目瘡痍，但人們已經開始投入重建家園的工作之中。而拯救世界的英雄克勞德，卻過著與世隔絕的生活。 但是，神秘的疾病“星痕癥候群”在世界蔓延。蒂法•洛克哈特決定找尋克勞德。但當她找到克勞德之時，眼前這個人，只是一個為艾利斯之死郁郁寡歡的落魄男子。
