浮於日本一隅的和平寧靜的龍宮島——一座與日本本土隔絕的孤島人們長年過著和平、安靜的日子。
“你……在那裏……嗎？”
有一天，一個遙遠魑魅的聲音傳來，緊接著美麗而又不祥的生命體fostom從蒼穹之間襲來。
其實早在29年前，龍宮島乃至日本就已不存在於地球的版圖之上，這一切的謎團隨著危險生物Festom的到來逐漸展開。一切的偽裝被卸下，戰火開始燃燒，這裏將不再平靜……
龍宮島上的少年真壁一騎在Fafner駕駛員喪生的情況下，無奈的踏上了駕駛巨人Fafner保護這塊樂園的旅途。
是堅決保護最後的樂園？還是懦弱的逃避現實？
一騎緊握好友總士的手，開始了不知終點的戰鬥之路…
