在行星Zi上,一心希望成為象父親那樣成為優秀的zoids機師的少年邦,同歐卡諾伊多(Organoid) 奇克和神秘少女菲妮一起踏上找尋zoids eve的旅途,並粉碎了帝國首相普羅因茲企圖控制帝國, 佔領共和國的野心。四年後,邦、菲妮都已經長大。為了對抗日益猖獗的使用zoids的恐怖活動, 共和國和帝國合作組織了一支由兩國精英構成的特殊部隊——守護者力量(Guardian Force)。 邦、菲妮又開始一起的旅程,陪伴他們的還有以前的夥伴……