在神秘的南極冰層裏，發掘出星際之門建造者遺棄的基地。星際之門亞特蘭蒂斯小隊應召執行壹次冒險性最大的星際之門任務——前往遙遠的天馬星系。
亞特蘭蒂斯小隊遭遇古代人類文明的襲擊...包括不斷威脅人類生命無處不在的新敵人——The Wraith.
Elizabeth Weir博士是亞特蘭蒂斯小隊的隊長，她是壹個外交關系專家。她擁有出色的政治才能，但在軍事上喜歡虛張聲勢，在軍隊裏面擔任少校之職。John Sheppard是壹個天資聰穎的駕駛員。陸軍少尉Aiden Ford擔任副駕駛員，他是壹個年輕熱情的軍官。Rodney McKay博士是壹個聰明機智的天體物理學家，曾在星際之門司令部任職。飛船上還有壹位朋友——Teyla，她是天馬星系人，Arhosian人年輕漂亮的領袖，與亞特蘭蒂斯小隊壹起跟The Wraith戰鬥。
在新的壹季中加入了許多新面孔，他們之中最引人註意的是Ronan Dex，壹個為了捍衛自己的星球而與The Wraith抗爭7年的天馬星系人。還有地球最新型的銀河戰鬥巡洋艦Daedalus--代達羅斯號的司令官，Steven Caldwell上校。
