曾經，人類與擁有兇惡咒術力的女王--妃魅禍率領的邪魔大王國的埴輪幻神發生過壯絕的戰爭，戰爭最後以人類封印了妃魅禍而獲得了勝利。在那場戰爭的50年後，人類在平靜的生活中漸漸忘記了那場戰爭。但是，埴輪幻神又壹次出現了！與它們展開戰鬥的是司馬遷次郎博士率領的BUILD BASE！高校生草薙劍兒借著由從BIG SHOOTER射出的各種部件裝著組合而成「鋼鐵神吉克」，與它們展開了激烈的戰鬥。現在，關系到人類存亡的新的戰鬥開始了……
