壹旦魔女力量覺醒，只要所羅門認為是危險的，就會對其加以捕獵。所羅門屬下有壹個行動部隊名為STN，其主要任務就是對沒有接受管理的魔女犯罪者進行捕捉和抹殺。STN為了加強戰鬥力而培養了壹批魔女及seed，派駐世界各地的STN分部協助魔女的捕獵工作，天才少女瀨名Robin就這樣被歐洲總部派到了日本的STN-J分部。
壹般傳統做法上魔女的捕獵是指肉體上的消滅，但Robin發現日本後發現那裏並不將對象殺死，而只是捕獲，然後交給壹個秘密組織——法庫裏特處理，並稱之為人道捕獲。而且STN-J使用壹種神秘的綠色液體——歐魯波，它能有效抑制魔女超能力的影響，也可以裝在氣壓手槍裏用作壓制魔女的得力工具。
隨著捕獵工作的進行，Robin的witch能力大為提高，但同時她也發現身邊的疑團越來越多。開始是搭檔亞門對自己的冷淡，據傳說自己的前任魔女獵人就是被亞門捕獵的，自己會不會有同樣下場呢？後來在墻城遇到了壹個據說已活了千年之久的魔女，並從她手中繼承了魔力的奧義，魔力達到能將人瞬間氣化的地步。結果不但Robin自己被所羅門本部判定為危險人物遭到捕獵，STN-J也受到攻擊，並被取消了使用歐魯波的權利。
逃脫捕獵的Robin在STN-J的夥伴們的幫助下展開調查，發現了更多內幕。首先是所羅門和法庫裏特組織的不合明朗化，法庫裏特打算繼續改良歐魯波，加大效力，使普通人也能使用歐魯波來捕獵魔女，而所羅門本部雖然沒表示反對，但也沒有支持他們。另外Robin發現法庫裏特和所羅門所發布的捕獵對象名單並不僅僅是犯罪的魔女，只要是被認為“有危險”或“無法控制自己的能力”的魔女都會被捕獵，大家開始對自己以往的工作產生了疑問。隨著調查深入，Robin的身世漸漸浮現，更意外的發現了神秘的歐魯波的來源……
魔女獵人本身是魔女，但又在為人類服務，從事捕獵其他魔女的工作。這個世界上為數本來就不多的種族中的壹員，抹殺其他的魔女等於在滅亡自己的同類，另壹方面他們又希望通過捕獵工作獲得人類的認同，這種感情上的矛盾貫穿整部動畫。另外所羅門、法庫裏特、日本警視廳之間的矛盾也被濃縮在了小小的STN-Japan分部，使得人們之間的關系變得更加微妙。
除了精彩的故事情節外，精美的人物、環境設定也是本片的壹大看點。無論是STN-J分部、法庫裏特的總部、STN-J獵人們常去的酒吧，以室內設計來看都是很有特色的壹流作品。而羅賓本人的造型也是眾人追捧的對象，看看她的無敵造型，呵呵。
