在這個煉金術已經成為一門技術的時代，國家以優厚的待遇將許多善於煉金的人們集合起來，評選出精銳的煉金術師們為國效力。在軍方的要求下，大批煉金術師被推上戰場，而女孩溫麗的雙親也作為醫生上了戰場，但他們由於連敵方的傷患也醫救而被軍方殺害。與溫麗家的悲痛為伴，鄰居愛德華與阿方索兄弟一家卻陷入了艱難的等待中。身為國家煉金術師的父親平時就沉迷於煉金術的研究，同溫麗的父親一同前往戰場後就再也沒有回來。母親以孱弱的身體艱難地撫養著6歲的愛德華和5歲的阿爾方斯。這樣的日子終於無法再堅持，生活的重擔和疾病的折磨終於將母親壓倒，儘管兄弟兩人和街坊們一起用盡全力拯救她，但世上最愛他們最關心他們的母親，還是無法違抗命運的安排永遠地閉上了眼睛。
守在母親的墓前，愛德華和阿爾方斯哭盡了所有的眼淚，在絕望的黑暗中兄弟兩人將父親留下的煉金術資料當作了最後的希望之火，決定挑戰煉金術最大的禁忌——人體煉成。然而當兩人準備好人體的組成材料並按照文字的記載畫出煉成陣時，出現在不安的光芒中的不是熟悉的母親，而是一團爛肉和席捲一切的黑暗......煉金術裏殘酷的等價交換原則讓兄弟兩人付出了慘重的代價，愛德華失去了左腿，並用自己的右臂為代價救回了差點被吞沒的阿爾方斯的靈魂，將他固定到一副鎧甲上......
錯已鑄成，為了恢復原來的身體兄弟兩人不得不直面殘酷的命運。為了能更方便的尋找高級煉金術的資料，愛德華在12歲時便通過了國家煉金術師的考試，阿爾方斯雖然由於身體的原因無法參加考試，但卻甘願陪伴在哥哥身邊一同尋找傳說中的“賢者之石”。在煉金術被人們當作最後的希望而一再寄託著內心深處映照的時代裏，帶著殘缺之身踏上旅途的愛德華和阿爾方斯，將見證一出又一出的人間活劇......
